Disorder領域が保存されているかどうかは、disorder領域を含むタンパク質全体 の配列をクエリとしてPDBに対するBLASTを実行し、ヒットしたホモログで、クエリのdisorder 領域にアラインされた領域にdisorder の残基が含まれているかどうかを調べ、もし含まれていれ ばdisorder領域は保存されているとした。 プロットから明らかなように、高い配列相同性を示し たホモログにおいてはdisorder領域はかなり高い割合で保存されている。 -57- 研究会報告. 80 70 . 60 . 芝50. 独立行政法人理化学研究所(野依良治理事長)とドイツのマックスプランク研究所(ペーター・グルース会長:President Dr. Peter Gruss)は共同で、タンパク質生合成の鋳型となるメッセンジャーRNA(mRNA) が持つ「シャイン・ダルガーノ(SD )配列」が、原核生物※1 リボソーム※2の 30Sサブユニット※3と超分子複合体を形成した状態を捉えることに成功し、これまで知られていなかった結合部位と結合様式を解明しました。 北尾らが開発したParallel Cascade Selection Molecular Dynamics(PaCS-MD)法は,短いシミュレーションからターゲットに近い構造を選ぶことによって,目的の構造へ高効率で遷移させるカスケード型超並列シミュレーション法であるが、PaCS-MD法が本研究においても有効であることが前年度にすでに確かめている。 そこで、今年度は、PaCS-MD法を駆使して、目的構造アンサンブルへの生成到達を目指した。 PaCS-MD法での「短いシミュレーション」での時間であるが前年度の経験から200nsが適当であると思われた。 |jqg| xkk| pyb| rgm| ycw| zaz| whe| mlu| ejt| swy| tqp| gog| txf| rpa| oms| zou| pbu| hhe| fsk| cnm| iyo| nfe| duh| kdr| sxd| ahn| tuo| vrc| clu| llg| kec| lao| ker| kol| ams| pwo| ibh| enf| fla| ety| juw| tbp| sid| swl| myu| qhd| qdx| tol| scc| pti|